高职教育研究所是从事高等职业教育研究的学术机构，又是进行本院教育教学研究的组织协调部门。具有高职教育研究、编辑出版刊物、参谋咨询及情报资料服务等职能。设高职研究室、《学报》编辑部、《农业职业教育》编辑部、资料室、印务中心等部门。
    本所工作宗旨是：以为教学改革献策为目的，以为教育科研服务为根本。在探索与研究高职教育诸规律，比较与了解国内外高职教育发展趋势的基础上，坚持为我院教育教学改革发展服务。
    本所的研究方向：紧紧围绕学校中心工作，开展实施方案的可行性、科学性的研究；与各职能部门密切合作，开展超前性、应用性 、专题性的研究；通过理论和实践相结合的方式进行农业高职院校改革发展性的研究。
    《农业职业教育》是由农业部农民科技教育培训中心、农业职业教育教学工作指导委员会和苏州农业职业技术学院主办的唯一一份全国性农业职业教育期刊。它是农业部农民科技教育培训中心用于指导全国农业职业教育工作的指导性刊物，同时也是各省（区、市）农业教育主管部门和全国各类农业职业院校交流教育改革、建设、发展经验以及信息的重要阵地。
    《苏州农业职业技术学院学报》（原江苏省苏州农业学校校刊）创刊于1985年，目前正在向国家新闻出版总署申请正式出版统一刊号。
    高职所主编的《高职教育研究资料》，不定期编辑、整理国内外高职教育教学改革发展动态信息，为院领导及教育教学相关部门及时了解国内外高职教育改革动态提供参考。
    本所已与各级教育科研部门、高等院校教研室等近200个单位建立了友好交换关系，进行高职资料、信息的交流，为广大教职工进行科学研究提供服务。